由于功能性消化不良的发病可能有多种因素的参与，需采取综合治疗。一般治疗主要是生活饮食的调控，如忌油腻、辛辣、生冷刺激食物、浓茶、咖啡、碳酸饮料、烟、酒，调整生活饮食习惯，七分饱，细嚼慢咽，多吃蔬菜、粗粮，多运动。如果出现腹痛，可以用抗酸剂治疗。如果上腹部不适，尤其是餐后出现疼痛或者是其他情况，可以选用促胃肠道动力药物。如果合并有幽门螺杆菌的感染，需要接受幽门螺杆菌治疗，如用胃三联、胃四连根除幽门螺杆菌。如果合并有精神方面的问题，可以合用精神科类药物，抗焦虑抗抑郁类的药物，具体情况具体分析。