棘阿米巴巩膜炎，是棘阿米巴角膜炎的严重并发症。症状一般比较重，要早期诊断、早期治疗，早期可给予病灶上皮组织刮除。药物治疗可选用氨基苷类、聚双胍类、双咪、联咪类和咪唑类，采用联合用药。可用0.1%的氯已定、0.02%的聚六甲基双胍、0.1%的咪康唑。全身口服伊曲康唑或酮康唑。在治疗初期，局部用药要每小时1次，等症状改善后，减少用量为每天4-6次，疗程4个月以上。治疗期间如中断用药，可导致病变反复，病情恶化。