稽留流产大部分的原因都是因为胚胎或胎儿存在染色体发育异常。一般常见的就是13、16、18、21、22体。另外，染色体结构异常也会引起流产，感染药物因素也可以使胚胎发育异常。母体如果有全身性疾病、严重的贫血、心衰、严重的感染都可以导致流产。如果子宫发育不良、双子宫、双角子宫、子宫中隔、黏膜下子宫肌瘤、子宫腺肌瘤都可以导致流产。如果女性内分泌功能异常、黄体功能不全、高泌乳素血症、多囊卵巢综合征、甲状腺功能亢进也可以引起流产。孕期过多的接触放射线、重金属，过度焦虑、紧张也可以导致稽留流产。