治疗跖疣的药膏有维A酸软膏、他扎罗汀软膏、重组人干扰素α2b软膏、咪喹莫特软膏。
除了应用药膏治疗跖疣，还可以选择二氧化碳激光治疗，就是通过激光烧灼的方法使疣体脱落，烧灼术之后会有浅的溃疡，在浅溃疡处需要每天抹一次消炎药膏，比如夫西地酸软膏、克林霉素磷酸酯凝胶、百多邦软膏、氧氟沙星凝胶或者红霉素软膏等。可以涂抹液态氮使疣体脱落，治疗时间是10天左右。
另外，还可以应用中药洗剂泡洗治疗，主要成分是马齿苋、紫草、秦皮、黄柏、香附、赤芍。