巧克力囊肿影响生育的。如果得了卵巢巧克力囊肿，主要是子宫内膜异位于卵巢而形成的巧克力囊肿，如果双侧都有巧克力囊肿，会影响排卵，导致排卵障碍，影响生育。得了巧克力囊肿，治疗一般是采用手术的方法去治疗。手术后一般用药阻断巧克力囊肿的复发，防止巧克力囊肿复发。一般常用药物是亮丙瑞林，术后一般观察3个月，看巧克力囊肿恢复情况，一旦有巧克力囊肿，短时间内容易再次复发，这个病是影响生育的。一旦得了巧克力囊肿，治疗好的，有的人会怀孕，治不好的是影响生育的。