虽然百日咳是计划免疫，大部分人可能都对它有一定抵抗力，但依然有散在百日咳发病的情况。症状比较有特点的就是阵发性痉挛性咳嗽，同时伴有鸡鸣一样吸气性的吼声，病程比较长，可能会持续几个月，所以叫百日咳，也可能会出现并发肺炎相应的疾病。因为是传染病，早期有潜伏期一般是7-14天，也有21天的，然后出现典型的百日咳的症状。
可以把病程分成三个阶段，第一个卡他期，就是刚感染的时候类似于普通的感冒，是轻微的咳嗽、鼻塞、流涕、低热、咽喉疼痛，但是这个阶段已经有传染性了。第二个是如果到急性发作期的时候，就是有症状的时候，就叫挛咳期，就是痉挛性的咳嗽，一般有的时候持续2-6周或者是两个月以上。第三个是后面出现恢复期，就是咳嗽的程度和频率逐渐的减轻，进入恢复阶段。