治疗百日咳最有效的方法就是抗感染治疗，具体如下：
1、百日咳如果确诊，要积极、早期的给予治疗，一般选用大环内酯类抗菌素，如红霉素、罗红霉素、阿奇霉素等，一般红霉素疗程为7-14天，阿奇霉素为三天，罗红霉素为7-10天。如果用药效果不见好，要及时的调整治疗。
2、对于百日咳、阵发性咳嗽，没有特殊的镇咳、祛痰的药物，在发病的不同时期可以选用不同的中药制剂，一般不使用过强的镇咳药，因为可抑制咳嗽反射，不利于排痰。宝宝咳嗽的时候可以口服中药，如肺力咳合剂、复方鲜竹沥液等，或者西药索盐酸氨溴特罗等止咳、化痰。
3、雾化治疗，宝宝百日咳的时候可以进行雾化治疗，如布地奈德、异丙托溴胺、沙丁胺醇等，缓解宝宝咳嗽的症状。
4、宝宝得了百日咳要注意隔离，要勤洗手、戴口罩、防止交叉感染。另外，要保持室内空气清新，清凉的空气对患儿有帮助，如果天气闷热，可以开空调调整室温。另外，宝宝要注意饮食清淡，少食多餐，吃营养丰富、易于消化的食物。