性别认同障碍属于精神障碍性疾病，无特殊药物能够治愈，也未见手术治疗的方式。通常采用3~4个月的药物治疗，必要时行手术治疗，联合心理调试进行治疗，效果尚可。
一、药物治疗
1、雌二醇片：为雄激素的阻断剂，适用于内分泌紊乱的性别认同障碍的患者，激素治疗调节内分泌。
2、黄体酮胶囊：为雌激素的补充剂，可以造成不可逆的生理变化，有利于缓解患者的症状。
二、手术治疗
性别重塑术：通过手术将患者重塑为另一种性别。本手术不可逆，并且十分痛苦，术后应当长期应用激素进行维持治疗。
三、心理治疗
心理调适，不少性别认知障碍者伴有焦虑症或强迫症，求助于心理医生，医生会对患者及家属进行心理治疗并付辅助社会及物理干预疗法。着重增强患者的自尊，对于家属进行同步治疗，对患者态度更宽容一些。
四、其他治疗
综合疗法，进行荷尔蒙疗法，让患者体验另一性别生活，或者进行手术性别改变治疗。