巧克力囊肿就是卵巢的巧克力囊肿，学名叫卵巢的子宫内膜异位囊肿。它是发生在卵巢的子宫内膜异位导致周期性出血，导致的囊性肿物，囊液一般是陈旧性的血液，陈旧性的血液就和黑巧克力融化后的颜色一样，所以又叫卵巢的巧克力囊肿。
卵巢的巧克力囊肿主要是因为压力大、内分泌失调，导致子宫内膜异位到卵巢上的囊肿，它是一种卵巢的良性囊肿。但是卵巢的巧克力囊肿有一定的恶变率，大约是1%左右。一般随着卵巢巧克力囊肿时间的延长，恶变率会增加。所以一旦发生卵巢的巧克力囊肿，建议具有手术条件的，尽量做腹腔镜下的卵巢巧克力囊肿的剔除术或者切除术，一般卵巢巧克力囊肿持续时间>5年有可能发生恶变。
所以综上所述，卵巢的巧克力囊肿是有癌变几率的，超过5年以上的卵巢的巧克力囊肿癌变几率大约是1%，它的恶变几率并不高，它不像别的卵巢囊性的浆液性囊腺瘤或者黏液性囊腺瘤。