亚急性感染性心内膜炎的致病菌主要是草绿色链球菌，其他致病微生物也有可能导致这个病，比如真菌、病毒等。大多数这个疾病的致病菌是来源于口腔手术后的草绿色链球菌，正常存在于人体内，是条件致病菌，人体口腔中最多。除此以外，在胃肠道、女性生殖系统存在的也有草绿色链球菌，所以经常发生于口腔手术后，少数可见于胃肠道疾病后、女性生殖系统疾病或手术后。极少数在心脏手术后的葡萄球菌、肠道手术后的肠球菌也可以致病。总之，这个疾病的致病菌不止一种，应用抗生素前最好明确病菌加药敏后再选择处理。