脑萎缩分为生理性和病理性，生理性脑萎缩是和年龄相关的一种衰老结果，没有药物可治，只能通过加强营养、注意锻炼、多用脑等方式尽量延缓老化的过程。
如果脑萎缩出现的过早、过快、进展迅速、不符合生理退化的时间，则考虑可能是其它疾病造成的，比如脑外伤后神经系统的变性病、脑血管病、癫痫、代谢性疾病、脱髓鞘疾病等。针对这种情况要继续治疗原发病，也就是原发病的药物要继续服用，在此基础上再给予改善认知功能的治疗，因为脑萎缩最主要临床表现就是认知功能障碍，可以选用胆碱酯酶抑制剂，比如多奈哌齐、卡巴拉汀、加兰他敏和石杉碱甲，也可以选用离子型谷氨酸受体拮抗剂，比如盐酸美金刚。另外，还可以用改善脑代谢的药物，比如胞磷胆碱、奥拉西坦、吡拉西坦等，也可以用银杏叶提取物。还有最近新上市的971，这些药物都需要长期服用以后才能看出疗效。