扁桃体囊肿如果比较小，没有引起任何的症状，可以暂时不处理，定期观察复诊即可。如果扁桃体囊肿比较大，引起咽部的异物感、不适，可以通过手术切除来进行治疗。有时囊肿如果伴发感染，先要控制感染，可以口服或者静脉使用抗生素类的药物控制炎症。炎症愈合后可以进行手术切除，手术切除可以在门诊进行手术，通过牙切钳直接切除囊肿即可，也可以一同切除扁桃体，需要全麻进行单侧的扁桃体切除，对于伴有慢性扁桃体炎的患者，更适合同扁桃体一同进行切除。