生理性飞蚊症治疗最有效的方法是用激光手术治疗，手术名称叫激光玻璃体消融术，它是将眼内的混浊物逐个激散，混浊密度降低，在眼前就看不到飘动的黑影，可能是蚊子或者是线条，可以完全消退，一般治疗2-3次就可以解决这个问题。
生理性的飞蚊症的绝大部分人无需治疗，一般观察即可。如果有一些症状需要治疗，也可以用胺碘肽滴眼液，或者卵磷脂络合碘胶囊，口服药物来试验性的治疗，有部分人群也有一定的效果。如果感觉生理性的飞蚊症对生活已经造成了极大的影响，不消除掉就无法正常生活，这个时候才建议行激光玻璃体消融术。