治疗植物神经紊乱的药物品种比较多，如果症状比较轻，可以选用谷维素、维生素B1等比较温和的药物。如果症状比较明显就需要使用一些抗焦虑、抑郁的药物，临床上常用的有SSRI类的和SNRL类的药物，包括西酞普兰、盐酸帕罗西汀、盐酸舍曲林、盐酸氟西汀、盐酸文拉法辛、盐酸度洛西汀、美抒玉、米氮平等。具体选用哪一种药物需要结合自身的情况，在专业医生的指导下合理的使用。
一般这类药物需要服用的时间比较长，在症状改善之后，还要维持9-12个月的时间，如果植物神经紊乱伴有严重的失眠，还可以选用苯二氮卓类的，或者是非苯二氮卓类的镇静催眠药，在睡前服用包括艾司唑仑、佐匹克隆、酒石酸唑吡坦等。除了西药之外，也可以选用一些中成药，比如说逍遥丸、九味镇心颗粒、心神宁片、乌灵胶囊等。无论是哪一种药物，都需要在专业医生的指导下合理使用。