食道镜和胃镜的区别主要是检查的部位。食道镜主要检查食管的病变，胃镜主要是检查胃和十二指肠病变引起的相关疾病，都是上消化道内镜检查，也是目前对消化系统疾病应用最广，进展最快的内镜检查。
当病人出现吞咽困难、胸骨后疼痛、烧灼等症状，往往选择食管镜。当病人出现上腹部的疼痛不适、饱胀、食欲不振等消化道症状，原因不明时，可以选用胃镜检查。上消化道的内镜包括食管和胃镜检查，还用于不明原因的上消化道出血，做X线钡餐不能明确诊断的上消化道病变。除此还作为随访，观察病变的检查等。