系统性红斑狼疮肾炎的药物方法需要根据肾穿的病理结果。
其中I型、II型的狼疮肾炎是不需要给予激素和免疫抑制剂需要观察，而III型、IV型、V型的狼疮肾炎需要用激素加免疫抑制剂的，其中羟氯喹作为免疫调节剂是普遍使用的基础用药。
如果是少量蛋白尿，可以使用泼尼松加上免疫抑制剂，如环磷酰胺、霉酚酸酯等，其中环磷酰胺每月一次、每次一克使用六个疗程，并评价治疗效果及监测血药浓度。
如果治疗效果不佳或不良反应较严重时，可以考虑应用环孢素或者他克莫司等治疗，同时为避免长期使用激素的副作用，需要口服钙片以及活化的维生素D等。