药物治疗是水痘性角膜炎的主要治疗方法，根据患者的具体情况，选择局部或全身应用的抗病毒和抗炎药物，以减轻患者症状，促进早日康复。
1、地塞米松滴眼液：属于糖皮质激素类滴眼液，具有抗炎、减轻水肿的作用，是目前临床用于治疗水痘性角膜炎的一线用药。
2、氟米龙滴眼液：适用于弥漫性角膜水肿及盘状角膜基质炎，即角膜基质出现广泛的轻度或中度水肿，角膜中央呈盘状混浊。
3、阿昔洛韦：属核苷类抗DNA病毒药物，是广谱高效抗病毒药，局部应用治疗水痘-带状疱疹病毒引起的皮肤和黏膜感染，如角膜炎、皮肤黏膜感染、带状疱疹病毒感染。不良反应可见转氨酶升高、皮疹，过敏体质及精神异常者禁用。
4、更昔洛韦：可以有效抑制病毒复制，减轻症状，保护角膜功能。