肾囊肿和肾肿瘤的区别主要体现在两个方面，一个是囊肿是良性病变，肿瘤通常是恶性病变，另一个是囊肿一般是囊性病变，肿瘤是实质性病变，具体情况如下：
1、病变性质：肾囊肿通常是由膨大的肾小管憩室构成，憩室在生产过程中会和肾小管脱离，形成一个个独立的囊泡，这种独立的囊泡有分泌功能，所以囊肿会逐渐扩大，在超声下可看到囊肿里面有囊，是和肾肿瘤的区别，肿瘤看到的是实质性病变。
2、病变良恶性：肾囊肿一般是良性病变，但如果肾囊肿里面有钙化、分隔、出血、囊液浑浊，以及新生物的形成，此时应该考虑到囊性肾癌的可能性，应该注意和肾肿瘤进行鉴别。肾肿瘤虽然大多数是恶性病变，但是像错构瘤之类的也是良性病变。