男性的支原体感染又叫非淋菌性尿道炎，主要症状是尿道蚁行感，像爬蚂蚁的感觉，所以药物的治疗主要分为两种：
第一、抗生素，最常见的抗生素是阿奇霉素和罗红霉素。如果耐药可能需要进行药敏试验，选择敏感抗菌素，针对这个支原体会有效。
第二、改善蚁行感尿道不舒服的一些药物，包括消肿药、中药，还有一些改善微循环的药物，比如坦洛新、宁泌泰胶囊、巴金片等。
一般药物疗程7-10天以后复查第一次，停药半个月以后再复查第二次，二次转阴以后提示支原体治疗结束。