中西医结合科可以治疗很多疾病，全身多个系统疾病都可以就诊中西医结合科进行检查治疗，例如高血压、糖尿病，还有血液系统疾病，包括骨髓增生异常综合征、白血病等。从中西医结合角度进行治疗，都可以更好地提高疗效。
因为中西医结合科的主要特色，是通过中医和西医相结合的方式来进行疾病的诊断和治疗，这样能够达到更好的治疗效果。所以中西医结合科所治疗疾病的种类，并没有太大的限制，基本上所有的疾病都可以去中西医结合科进行检查、治疗。中医可能会从个人体质的角度来帮助疾病治疗，而西医则是从实质性的器官损伤角度来进行疾病治疗，两者相结合能够起到更好的治疗效果。