肠系膜静脉血栓死亡率极高，高达50%～70%。由于肠系膜静脉血栓形成是腹部创伤，腹部感染，门静脉高压，真性红细胞增多症，高凝状态等疾病而继发的，故属于全身情况在肠系膜静脉里的表现，所以治疗困难，血栓容易扩散。切除了相应的肠系膜静脉血栓和肠管，即使术后积极地抗凝治疗，还会再发血栓，致使全部小肠坏死，值得特别注意。