IgA肾病的病因，仍然是免疫反应过程所导致。在病程的进展过程中，非免疫因素也进行了参与，如高血压、高血脂、动脉硬化等，使得IgA肾病进入慢性化。IgA肾病是一种独立的疾病，也称为系膜增生性IgA肾病，在病理上主要可以见到，免疫球蛋白IgA在肾小球的系膜区广泛沉积，有时会伴有IgM和IgG的沉积，补体C3的沉积比较普遍。
病理类型根据其损害的程度，可以分为Lee氏Ⅴ级。随着病情的加重，在肾小球节段硬化的基础上，合并肾小管萎缩和间质纤维化，个别会出现新月体的形成。最终的结果历经10年或者20年的时间，部分患者进入了慢性肾衰尿毒症期。