传染性单核细胞增多症需要与巨细胞病毒感染、弓形体感染、链球菌咽炎进行鉴别。
1、巨细胞病毒感染：临床上不易与传染性单核细胞增多症相鉴别，可伴黄疸、嗜异凝集抗体阴性，其双份血清巨细胞病毒IgG升高(恢复期是急性期4倍增高)或巨细胞病毒IgM阳性。
2、弓形体感染：嗜异凝集抗体阴性，但临床上不易与传染性单核细胞增多症相鉴别，双份血清弓形体IgG 4倍升高(恢复期是急性期4倍增高)或弓形体IgM阳性。
3、链球菌咽炎：常无肝脾大的表现，外周血白细胞计数升高，且以中性粒细胞为主。可以此鉴别诊断。