男科所涵盖的疾病非常广，包括男性几乎所有的疾病，例如性发育疾病，如男性青春期发育延迟或者青春期发育异常。阴茎与包皮的疾病，比如包皮过长与包茎、小阴茎与隐匿阴茎、阴茎的损伤、硬结症、弯曲、异常勃起。还有睾丸及附睾的炎症、损伤，如睾丸扭转、隐睾症、睾丸肿瘤，以及精索静脉曲张、鞘膜积液、前列腺增生、前列腺炎、前列腺肿瘤、精囊的疾病、男性不育症。
另外，还有男性的性功能障碍，例如性欲障碍、勃起功能障碍、插入障碍、射精障碍，以及男性生理方面的调节。还有男性的更年期综合征、男性生殖系统的感染、生殖系统结核，以及男科疾病的中西医结合诊治。男科除了用药以外，也可以包括很多的手术治疗。