肥厚型梗阻型心肌病的治疗目标为尽量改善患者的症状，减少并发症和预防心源性猝死。治疗方法分药物治疗和手术治疗两种：对于急性期患者一旦出现了明显的心源性休克或者心源性猝死的情况下，要立即到医院进行治疗或者现场给予心肺复苏。药物治疗，对于慢性期患者可以应用倍他受体阻滞剂，非二氢吡啶类钙离子通道阻滞剂，ACEI类的药物，ARB类的药物，利尿剂，螺内酯，地高辛等都可以进行应用。一旦患者出现了严重的情况，用药物控制不良，也可考虑进行手术治疗。