临床上支原体、衣原体感染最常见的是呼吸系统的炎症，包括支气管炎、肺炎。用药物治疗首选的是大环内酯类药物，包括红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等，还可以选择喹诺酮类的药物，比如诺氟沙星、氧氟沙星、环丙沙星、左氧氟沙星、洛美沙星以及加替沙星等药物。一般情况下，这些药物的选择根据患者的药物敏感试验来调整，部分患者会出现不良反应，表现为消化系统的症状，比如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，一般情况下都能够耐受。