扁平苔藓和扁平疣是两种不同的疾病，区别如下：
一、扁平苔藓是特发性炎症性皮肤病，比较典型的损害是多角形紫红色的扁平丘疹，可以发生于人体的任何部位，口腔黏膜和龟头可以受累，头皮受累可以造成永久性脱发，手指甲、脚趾甲受累可引起脱甲。这个病的病程比较慢性，可以持续数周、数月，甚至数年。病因和机制不是很清楚，免疫因素、遗传因素、病毒感染、神经精神因素，以及某些药物，都可以成为它发病的原因。
二、扁平疣的病因非常明确，就是病毒感染性疾病，是由人类乳头瘤病毒感染所引起的皮肤病，典型的损害是扁平丘疹。丘疹可以是正常肤色，也可以是淡粉色、淡褐色。它好发的部位是面部、前臂和手背，这个病口腔黏膜、龟头、头皮、甲板不会受累。病程是慢性的病程，但是有自限性，这些皮损可以自行消退。