肝性脑病发生机制迄今未完全明了，现在有多种学说。主要有氨中毒学说：氨代谢紊乱引起的氨中毒是肝性脑病特别是门体分流性脑病的重要发病机制。血氨主要来自肠道、肾和骨骼肌生成的氨，但胃肠道是氨进入身体的主要门户。当肝脏功能异常，肠道中的氨未经解毒直接进入血液，过多的血氨进入脑组织，氨对中枢神经系统产生毒性反应，从而出现肝性脑病。因此肝病患者应控制血氨的升高，减少肝性脑病的发生。