到目前为止，结肠癌详细且明确的发病机理还不清楚。但是现在清楚的是大部分结肠癌都是由结肠息肉、结肠腺瘤演变过来，也就是结肠息肉、结肠腺瘤经过五年或者更长的时间，比如八年，会慢慢演变为结肠癌。
结肠息肉、结肠腺瘤与很多因素有关系，虽然没有明确的机理，但大概与环境污染有关，还与饮食结构也有关系，比如高脂肪、高蛋白、少纤维素饮食，这些都可能是危险因素。还有就是不良的习惯，比如抽烟、饮酒、运动少，也是造成结肠癌的高危因素。有少部分结肠癌与基因突变有关系，就是基因到了一定年龄阶段可能发生突变，这样也会造成结肠癌。少部分结肠癌与遗传因素有关系，比如家族性腺瘤性息肉病、林奇综合征造成的癌变。