一、乳糖不耐受根据临床症状的轻重，采用无乳糖或者低乳糖牛奶。目前市面上销售的有无乳糖奶粉、水解蛋白牛奶，均不含乳糖，是优质的牛乳蛋白配方，能够确保蛋白质的足量供养和良好利用，而且有具有天然的奶味儿。含有婴儿正常发育所需的全部矿物质和维生素，但是价格比较昂贵。
二、可以使用大豆奶、奶粉或者是米面制品，但是它的营养成分不足，不宜久用。原发性乳糖不耐受的孩子，临床症状与进食乳糖的量密切相关，所以可以采取少量多次摄入乳制品，以增加肠道对乳糖的耐受性。
三、选用发酵乳，比如酸奶，避免空腹饮食，减轻乳糖不耐受的症状。
四、采取益生菌治疗，研究表明多种益生菌与乳糖没有关系。益生菌的微生物制剂可以促进孩子的乳糖酶的恢复，以致于治疗乳糖不耐受引起的腹泻。
五、中医治疗，中医治疗在医生的指导下进行。