胆管肿瘤的病因尚不清楚，临床研究表明，胆管肿瘤的发生多与胆管结石、胆管炎相关，好发于老年男性。
一、主要病因
1、胆管结石：约1/3的胆管肿瘤患者合并胆管结石，而5%~10%的胆管结石患者将会发生胆管肿瘤，说明胆管长时间受结石刺激，上皮发生增生性改变，可能与胆管肿瘤发生有关。
2、华支睾吸虫：在东南亚，吃生鱼感染肝吸虫者导致胆道感染、胆汁淤积、胆管周围纤维化和胆管增生，是导致胆管肿瘤发生的因素之一。习惯吃富含亚硝酸盐食物的人群，更易诱发癌症。
3、胆管囊性扩张症：少数胆管囊性扩张症患者发生癌变。囊肿内结石形成、细菌感染，特别是由于胰胆管汇合部发育异常导致胰液反流，是导致癌变发生的主要原因。
4、原发性硬化性胆管炎：有报道认为原发性硬化性胆管炎是胆管癌的癌前病变。
二、诱发因素
1、高龄：随着年龄的增长，尤其是老年男性，其胃肠道功能及免疫抵抗力降低，容易发生胆管结石和感染，反复发作有进展成肿瘤的可能。
2、长期吸烟饮酒：临床研究表明吸烟及吸烟强度与肝内胆管癌的发生相关，与不饮酒相比每天饮酒的人患肝内胆管癌的风险也是增加的。