小儿短指-球状晶体异位综合征目前尚无有效的治疗方法，但是可以采取对症治疗的方法，其中眼部的情况可对症手术治疗，如激光手术治疗青光眼，身体畸形需要根据患者要求和身体功能而决定。
一、药物治疗
1、复明胶囊：该药可用于青光眼，初、中期白内障及肝肾阴虚引起的羞明、畏光、视物模糊等情况，且目前还没有发现明显副作用。
2、毛果芸香碱：毛果芸香碱是眼科最常用的一种药物，它的主要药理作用有缩小瞳孔、降低眼压；增加外分泌腺的分泌，尤其是对唾液腺和汗腺作用比较明显；增加支气管、膀胱和尿道平滑肌的张力。毛果芸香碱可缓解或消除青光眼症状。
3、毒扁豆碱：毒扁豆碱为抗胆碱酯酶药，其药理作用有多种，在眼科方面主要有缩瞳、降低眼压作用。
二、手术治疗
1、周边虹膜切除术：该手术的目的是将周边虹膜切除少量虹膜组织，使后房房水直接经此切口流入前房，达到解除瞳孔阻滞以及瞳孔阻滞所导致的周边虹膜向前膨隆和房角关闭。周边虹膜切除术对眼组织损害轻，且手术并发症较少。该手术可以有效减轻眼周负担，能够有效预防和早期治疗青光眼。
2、抗青光眼手术：抗青光眼手术主要作用是防止房角阻塞，加速房水的排泄和减少房水生成。目前抗青光眼手术有小梁切除术、巩膜切除术、巩膜灼瘘术等，现在常用的是小梁切除术，尤其是各种改良后的小梁切除术，适应症广、术后并发症少、疗效较好。 该手术可以有效保护视力，减缓视力消退速度。
3、晶体摘除术：小二短指-球状晶体异位综合征常有晶状体位置异常的情况，因此该手术可以预防晶体对眼部的压迫，有效控制病情恶化，预防因晶体压迫而导致其他并发症。