先天性性胆管扩张症与遗传学因素、胰胆管合流异常、胃肠道神经内分泌、胆管上皮异常增殖及其他因素(如病毒感染、妊娠、胆管炎症)等有关。
一、主要病因
先天性因素：1、胆管上皮异常增殖学说：先天因素学说为多数人接受。认为胚胎时期胆管发生过程中其上皮增殖异常，导致胆管各处的上皮增生速度不均匀，下部入十二指肠段狭窄，使胆管压力增高，上部胆管发育不良处扩张。
2、胰、胆管合流异常学说：通过各种手段发现该病几乎都存在着胰胆管合流异常现象。
3、神经发育异常学说：先天性胆管囊肿发生部位有神经细胞的缺陷，类似于巨结肠的改变。
二、诱发因素
1、存在遗传因素、先天性胆胰管结构异常者，容易诱发先天性胆管囊状扩张。
2、病毒感染、妊娠、反复胆管炎症，容易导致先天性胆管囊状扩张。