鼻咽癌发病的原因没有完全明确，可能和很多因素是有关，比如饮食、环境、遗传以及病毒感染等。
如果饮食中经常摄入含有亚硝酸盐的食物，可能会有致癌的作用，还有环境中，特别是饮水中如果镍的含量比较高，有可能会导致鼻咽癌。
病毒的感染，比如EB病毒的感染，就有可能和鼻咽癌是相关的，所以在鼻咽癌的诊断和随访过程中，检查EB病毒病毒的抗体滴度，也是很重要的指标。
遗传因素也是很重要的原因，如果直系亲属有鼻咽癌的病史，出现鼻咽癌的可能性就会相对的要高一些。