在临床上需要做小肠镜，一般主要是考虑小肠疾病，通常包括炎症性疾病或者肿瘤性疾病，因为小肠在人体长度很长，一般有3-5m长。目前在临床上最常用的内镜检查主要是包括胃镜与结肠镜，通常无法检查到小肠，通常是因为患者反复出现腹痛、便血或者是消化道出血，甚至严重贫血时，行CT检查考虑小肠出现了占位性病变或者是考虑是克罗恩病时，通常需要做小肠镜检查以明确诊断。
如果是肿瘤性疾病，比如间质瘤所引起的出血和腹痛甚至肠套叠，通常唯有通过手术治疗才能获得治愈，而对于淋巴瘤或克罗恩病通常采用化疗或者是保守治疗，所以在临床上对于不明原因性的腹痛，经过胃镜、肠镜检查，没有阳性发现才可以考虑行小肠镜检查，以明确诊断，再制定下一步治疗方案。