婴儿心脏的房间隔缺损就是在胎儿期，在心脏发育过程中，心脏发育受到一定的干扰，尤其怀孕早期，12周以内。房间隔的形成是由两层，有原发隔和继发隔，在早期形成原发隔，原发隔从心房的顶部开始往下长，在它长的过程中，长到一半左右的时候，它继续往下长，但长的同时上面一块基本上逐渐的吸收了。
吸收了以后，在原发隔的右房侧又长出来一个房间隔，叫做继发隔，继发隔就把原发隔吸收那一块给填补了，如果填补完全，就是正常孩子，如果填补不完全，没有完全盖住，就形成了房间隔缺损，房间隔缺损通常说的是这种情况，它叫做继发孔房间隔缺损。
是由于在右房侧的房间隔没有完全盖住原发孔的房间隔部分。还有一部分房间隔缺损，叫做原发孔房缺，原发孔就是原发隔从心房的顶部向十字交叉这个位置长的过程中，没有完全长严，它不是常规考虑的房间隔缺损，这个常规的房间隔缺损都是继发孔的房间隔缺损，它的原因就是继发隔没有完全发育完全导致的。