肝内胆管结石的治疗方针主要是尽可能的把肝内胆管的结石取净，来解除胆道的狭窄与梗阻，去除肝内的感染灶，建立和恢复通畅的胆汁引流，以及预防它的复发。手术治疗可以微创，保肝取石，也就是在内镜下逆行性胆胰管造影的基础上切开或引流胆管。手术的方法主要有胆肠内的引流、高位胆管切开取石，去除肝内的感染性病灶。一旦患者在术后经T管造影发现肝内胆管还有残留的结石，可以在窦道形成后拔除T管，经窦道插入胆道镜，在直视下用取石钳或网篮将石头取出。如果结石比较大，可以用激光碎石将结石去除。