霉菌性阴道炎的治疗主要是以消除病因，还有选择局部和全身应用抗真菌的药物为治疗措施，根据患者的临床分类决定疗程长短，具体如下：
1、消除病因：需要积极的控制糖尿病患者的血糖，停用广谱抗生素、雌激素以及皮质类固醇激素。勤换内裤，用过的内裤、盆以及毛巾需要应用开水进行烫洗。
2、药物治疗：单纯性霉菌性阴道炎患者可以局部用药，也可以全身用药，其中以局部短疗程的抗真菌药物为主，一般咪唑类的药物效果比较好，用药2-3天症状就可以消失。全身用药主要是以口服的氟康唑、伊曲康唑为主，对于复杂性霉菌性阴道炎患者，一般需要延长治疗的时间，需要半年左右。同时，性伴侣要进行一起治疗，避免女性的重复感染。
大多数的霉菌性阴道炎患者经过规范的治疗以后，可以得到治愈。