病毒性脑膜炎本身有自限性，个别的病毒可能会迁延反复，一般来说，抗病毒药物要求足量、足疗程，一般治疗的疗程是10-14天左右。细菌性脑膜炎病情比较凶险，如果不经过规范有效的抗菌药物治疗，很容易进展危及生命。
通常抗生素对细菌性脑膜炎要求足疗程、足量，多数要求抗感染治疗至少2-3周，而且要选用针对致病菌敏感的抗生素进行治疗。结核性脑膜炎和真菌性脑膜炎的特点是慢性的倾向，容易反复迁延容易复发，治疗疗程会更长一些。抗结核治疗。
如果是结核性脑膜炎，通常需要6-9个月以上。抗真菌治疗通常需要治疗1个月，个别病人甚至要2-3个月以上，以彻底根治病源菌，避免复发。