慢性疲劳综合征主要是精神压力太大、睡眠不足、长时间劳累、紧张而导致的结果，主要治疗是通过综合治疗，要适当活动，白天尽量不要睡觉。可以多做户外活动，适当运动。同时要增加营养，加强体育锻炼、增强体质等。
还要改善睡眠，睡眠前不要做剧烈运动，不要暴饮暴食，以及睡觉前可以喝点牛奶，以及泡脚、洗热水澡等，改善睡眠。同时，还可以用药物来帮助调整精神症状和躯体症状。可以用安眠的药放松肌肉，也可用5-羟色胺再摄取抑制剂调整情绪和精神萎靡不振的症状。还可以用5-羟色胺再摄取抑制剂来进行调整5-羟色胺的水平，来改善症状。