导致新生儿发生败血症的常见病原菌有B族链球菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、大肠埃希氏菌等，有些情况下也可以由绿脓杆菌等引起。
根据不同感染的部位以及不同的地区常见流行的菌种不同，导致新生儿感染的病原菌也不一样，尤其是由新生儿肺炎导致的败血症往往和B族链球菌是密切相关的。如果是泌尿道感染引起新生儿败血症，和大肠埃希氏菌及肺炎克雷伯菌等密切相关。
所以新生儿败血症病原菌除了和原发病有关之外，其次和当地所流行的菌株是有密切关系的。