一般来讲肝内胆管结石很难自行排出，因为肝内胆管结石主要的成因是胆管内有炎症，发生了胆管内的感染。当发生胆管内的感染的时候，胆管就有可能因为炎症刺激，出现炎症反应，比如水肿，甚至溃疡，当在愈合的时候有可能胆管会出现瘢痕，瘢痕有可能就会导致胆管狭窄。
胆管狭窄会进一步导致胆汁内感染加重，甚至胆汁排泄不畅，这样恶性循环会导致肝内胆管结石被卡在肝脏胆管内，并不可以自行排出。这时候需要通过影像学的检查来完善肝内胆管的情况，看是否需要通过手术来解决问题。