感染性的包皮龟头炎通过口服药物和外部治疗，就可达到治愈的目的。其中口服药物需要根据具体感染的病原微生物来进行选择，对于急性浅表性包皮龟头炎和环状糜烂性包皮龟头炎的治疗，应当首先针对革兰氏阳性菌球菌的抗生素，选用庆大霉素、卡那霉素等相对敏感的药物，滴虫性包皮龟头炎的治疗首选甲硝唑。对白色念珠菌引起的包皮龟头炎的治疗，常用曲古霉素或伊曲康唑。
外部治疗一般针对滴虫性龟头炎，可用1%的乳酸溶液、0.5%的醋酸溶液或1:5000的高锰酸钾，冲洗龟头和包皮内侧。念珠菌性包皮龟头炎可用碳酸氢钠溶液清洗患部，或用咪唑类软膏类软膏涂抹。细菌引起的包皮龟头炎，可用3%的硼酸水或0.1%的雷夫奴尔溶液清洗患部。