免疫缺陷的患者最常见的症状就是出现各种各样的感染，包括咳嗽、发烧、咳痰、腹泻、腹痛，还会有皮肤软组织的感染，甚至会出现非常少见的病原体的感染，包括真菌的感染等。免疫缺陷的患者还容易出现自身免疫系统疾病，例如关节疼痛，出现过敏性皮疹等多种情况。免疫缺陷病的患者还容易合并多种恶性肿瘤，而且很容易合并一些少见的恶性肿瘤，出现全身多脏器、多系统的损伤。免疫缺陷可以累及全身各个系统，呼吸系统、造血系统、内分泌、消化、神经系统等都会受到累及。