扁平疣和尖锐湿疣都属于病毒感染性的疾病，但二者感染的病原体不一样，两者的HPV感染类型有所区别，类似于土壤里面播种不同的种子，长出来的庄稼也不一样，故二者治疗上有所差别，具体情况如下：
1、扁平疣：好发在躯干、四肢等部位，呈扁平的分布，可以直接外用咪喹莫特或5-氟尿嘧啶进行治疗，特别顽固的扁平疣也可以考虑冷冻或使用二氧化碳激光进行治疗，往往治疗效果都比较理想。
2、尖锐湿疣：与性传播有关系，多出现在生殖器部位，以及男性和女性的尿道口、肛周，甚至可以长在口腔黏膜，该疾病往往需要激光治疗，或者是光动力治疗，单纯外用药物效果往往不是很明显。