男性不育的原因主要包括生殖道和生殖附属性腺感染，如支原体、衣原体、各种寄生虫感染等等。内分泌因素，如性腺功能低下、甲状腺激素异常等。
遗传学因素，包括染色体核型异常、Y染色体微缺失、染色体多态性等。先天性发育异常，如阴茎发育异常、隐睾、输精管精囊缺如、射精管梗阻等。
环境因素，如接触化学、放射、电离辐射等。另外，还有精索静脉曲张、心功能障碍等。目前仍然有很多男性不育并不能找到明确的病因，称为特发性男性不育症。