十二指肠溃疡首选检查是胃镜检查，胃镜检查可以直观看到胃和十二指肠黏膜损伤的情况，当发现疾病后，能够借助活检病理学与恶性溃疡进行鉴别。通过病理活检，可将消化性溃疡分为三个病期，即活动期、愈合期和瘢痕形成期，根据分期，调整治疗方案和评估预后。发现十二指肠溃疡后要进一步查幽门螺杆菌，幽门螺杆菌检查目前常用C13或C14呼气试验。如果幽门螺杆菌阳性，要给予三联或四联抗幽门螺杆菌治疗，对于幽门螺杆菌，有效清除才能达到对十二指肠溃疡很好的控制。
对于不能耐受胃镜的患者，可以给予钡剂造影检查。如果钡剂填充溃疡凹陷而显示龛影，是诊断十二指肠溃疡的可靠依据。钡剂造影检查风险小、痛苦小，但不能取活检进行病理检查，部分患者要根据病情做胃镜、胃液分析和血清促胃液素测定。当诊断为十二指肠溃疡时，要给予抑酸剂、胃黏膜保护剂及抗幽门螺杆菌等综合治疗，在治疗期间避免进食辛辣食物，并戒烟、戒酒。