碘伏是一种消毒防腐药，有杀灭病原微生物的作用，主要是可以杀灭像细菌或真菌等一些病原微生物，但碘伏对扁平疣是没有效果的，扁平疣是人类乳头瘤病毒感染所导致的。
扁平疣的治疗主要是外涂一些抗病毒的药物，如重组人干扰素α2b凝胶，或者是外涂具有促进表皮正常代谢、抑制表皮增殖的药物，如维A酸乳膏等。除此之外，也可以选择像咪喹莫特乳膏外涂，其具有调节局部皮肤免疫的作用，可以清除病毒，效果比较好，如果外用药物疗效差也可以选择激光或者是冷冻来祛除，效果立竿见影。