肛瘘的临床症状通常表现为肛周局部皮肤出现红肿、疼痛、破溃流脓、反复发作、迁延不愈。
在临床上，肛瘘坐骨直肠肛管周围间隙感染的慢性期，通常包含有瘘道或者窦道，有内口、外口，因为窦道出现细菌感染反复发作，所以脓肿一旦破溃以后表现为肛周的外口破溃，从而表现为流脓。
对于肛瘘，在临床上目前唯有通过手术治疗才能获得治愈。根据肛瘘内口与肛提肌的位置，分为高位肛瘘与低位肛瘘，一般来说对于低位肛瘘，可以采用一次性的将肛瘘完整切除，创面敞开，通常就可以获得治愈。
而对于高位肛瘘通常需要挂线治疗，避免一次性的切断肛门肛管直肠环，会导致大便失禁，所以采用肛瘘挂线治疗一般需要1-2周左右的时间，每3-5天收紧一次橡皮筋，通常可以获得高位肛瘘的治愈。