尖锐湿疣若选择不治疗，可能会自行消退，也可能保持不变，还可能会增多、增大。虽然治疗可能会导致人乳头瘤病毒的DNA减少，但还不清楚是否会减少未来的传播，虽治疗后尖锐湿疣复发几率较高，但大部分患者通过正确治疗最终可以实现临床治愈。
目前的治疗包括医院外治疗和医院内治疗，往往都需要多次治疗，目前没有公认的最佳治疗方案，也没有某种适合所有患者的治疗方案。医院外治疗是指在家可以自行治疗，主要是用咪喹莫特乳膏等局部药物治疗。医院内治疗是指在医院机构由医生开展的治疗，主要是物理治疗和手术治疗，大多数尖锐湿疣患者都需要联合治疗。